Здравствуйте! Псевдоним используется для индентификации автора в отношении своих произведений. Поэтому следует его использовать в отношении своих произведений при их публикации, например.
По поводу сотрудничества с издателем. У авторов есть право автора на имя, воспользуетесь им и определите в договоре, что использование произведений происходит с указанием псевдонима.