Местом жительства детей не достигших 14 летнего возраста признается в месте жительства их законныз представителей (родителей, опекунов) - п.2 ст. 20 ГК РФ
У родителей и детей может быть в собственности не одно жилое помещение, кроме того родители могут проживать и быть зарегистрированы в квартире по дооовору соц.найма.
Таким образом, у родителей есть обязанность зарегистрировать ребенка по своему месту жительства (по тому месту жительства, в котором они зарегистрированы и преимущественно проживают) и это жилое помещение не обязательно может быть тем, в котором выделялись доли детям в связи с использованием маткапитала.