Вопрос довольно трудный, потому что через фильтрационные лагеря (точнее проверочно-фильтрационные лагеря) прошла меньшая часть советских граждан, относящихся к категории военнопленных или перемещенных лиц. Как указывает В.Н. Земсков:
Основная масса репатриантов проходила проверку и фильтрацию во фронтовых и армейских лагерях и сборно-пересыльных пунктах (СПП) Наркомата обороны (НКО) и проверочно-фильтрационных пунктах (ПФП) НКВД; часть военнопленных — в запаcных воинских частях. Выявленные преступные элементы и «внушавшие подозрение» обычно направлялись для более тщательной проверки в спецлагеря НКВД, переименованные в феврале 1945 года в проверочно-фильтрационные лагеря (ПФЛ) НКВД, а также в исправительно-трудовые лагеря (ИТЛ) ГУЛАГа. Лица, проходившие проверку и фильтрацию в лагерях, СПП и запасных частях НКО и ПФП НКВД, в отличие от направленных в ПФЛ и ИТЛ, не являлись спецконтингентом НКВД. Большинство репатриантов, переданных в распоряжение НКВД (спецконтингент), составляли лица, запятнавшие себя прямым сотрудничеством с чужеземными завоевателями и подлежавшие по закону за переход на сторону противника в военное время самому суровому наказанию, вплоть до смертной казни. Однако на практике они отделывались чаще всего 6-летним спецпоселением и не привлекались к уголовной ответственности.
Всего же к 1 марта 1946 года было репатриировано 5 352 963 советских граждан (3 527 189 гражданских и 1 825 774 военнопленных). Однако из этого числа следует вычесть 1 153 475 человек (867 176 гражданских и 286 299 военнопленных), которые фактически не являлись репатриантами, так как не были за границей. Их правильнее называть внутренними перемещёнными лицами (имеется в виду перемещение внутри СССР).
Из числа гражданских лиц 80,68% было направлено по месту жительства, 5,34% - призвано в армию, 9,91% зачислено в рабочие батальоны НКО, 2,31% находились на сборных и пересыльных пунктах и только 1,76% - передан в качестве спецконтингента НКВД. Среди военных расклад был такой: 18,31% направлено по месту жительства, 42,82% - призвано в армию, 22,37% зачислено в рабочие батальоны НКО, 1,81% находились на сборных и пересыльных пунктах и 14,69% - передан в качестве спецконтингента НКВД.
То есть большая часть репатриированных граждан вернулись к обычной жизни без каких-то серьезных проверок, без поражения в правах и последующих неприятностей. В ПФЛ и ИТЛ попало суммарно всего 272867 человек. Кроме того, как указывает А.В. Латышев
К 1 января 1945 г., по данным НКВД, проверку в ПФЛ прошли 401400 человек
С учетом того, что фильтрационные лагеря были созданы в декабре 1941 года, получается, что за неполные пять лет через них прошло менее 700 тысяч человек, большую часть которых составляли военнослужащие, попавшие в плен, а так же лица, являвшиеся коллаборационистами. При этом парадоксально, но хотя формально ПФЛ были созданы для выявления шпионов, но в итоге их основная функция стала трудовой. Их контингент использовался для угледобычи, лесозаготовок, строительства и на прочих работах. Именно этим объясняется то, что сроки проверки людей в ПФЛ серьезно затягивались, поскольку в НКВД не хотели терять фактически дармовую рабочую силу. После окончания проверки, в зависимости от результатов человек мог либо получить срок в колонии-поселении (около 6 лет), либо вернуться к обычной жизни. Правда при этом далеко не все возвращались в родные места - многим выдавали паспорта с пропиской в том месте, где они выполняли работы, находясь в ПФЛ. Также надо упомянуть, что многих очень серьезно напрягал сам факт нахождения в ПФЛ, потому что был непонятен их статус - они не считались заключенными, но при этом, фактически, ими являлись. В результате многие требовали, чтобы их дела как можно скорее рассмотрели и вынесли хоть какое-то решение.