Надо полагать, что Долина царей в эпоху расцвета Древнего Египта не была пустыней, возможно была не обжитой, без поселений, но не пустыней.
Если судить по истории Рима, во время Пунических войн (с Карфагеном) пустыня Сахара была значительно меньше, а плодородных и главное пахотных земель на территории современного Алжира, Туниса, Ливии втрое больше. Вероятно и у Египта плодородных земель было больше. Предположу, что и Долина Царей в те времена не утопала в песках.
Но в течении столетий междоусобиц Римской империи, затем в противостоянии между старой столицей, Римом и новой, Константинополем, затем между Западными и Восточными Римскими империями, включая религиозным распри, эти земли подвергались непрерывному захвату. Результат - территории опустели, водоемы иссушены, колодцы, поля уничтожены или заброшены, открывая дорогу пустыне.
Можно смело считать это одним из крупнейших плачевных вмешательств в экосистему человека в древности.