Были ли принципиальные отличия в наречении крестьянских детей и детей высших сословий в России XVII-XIX веков?

Принципиальных отличий не было, за исключением того, что "все животные (люди) равны, но есть животные (люди) ровнее других". :)
Все имена выбирались из святцев, из имён святых, приходившихся на день рождения, иногда - на день крещения ребёнка. В крестьянской среде всё отдавалось на откуп приходскому священнику. Отсюда и разнообразие имён, которого не встретить сейчас: всякие Валтасары, Еваресты, Феодулы, Олимпиодоры и т.д. Мало ли какая фантазия у местного попа, жизнь скучная в деревне. :)
Аристократы давали имя сами, им было больше воли в выборе имён, дополнительно им разрешалось называть детей по святым восьмого, сорокового дней от рождения, и даже именами родителей, дедушек-бабушек, именитых родственников. Поэтому царские и дворянские имена и в наше время не вызывают улыбок и недоумения

Были. Крестьянам и купцам имена давал поп по святцам, и в результате чего там только не было. :-)

Дворяне выбирали для детей наиболее благозвучные имена. И было их не так уж много. Представить себе дворян, носивших имена типа Прасковья или Пафнутий, было сложно. Хотя всякое бывало...