Разумеется, материален. Кирпич, который может упасть на вас, существует до того, как вы обнаружите его по факту его попадания в вас.
Но с элементарными частицами дело обстоит несколько сложнее.
Дело в том, что "на самом деле" никто не знает, существуют ли электроны, протоны, кварки и т.п. Мы знаем, что если проделать некоторые манипуляции, то получим известный результат. И для описания микромира используются различные модели. Прям так и называются - Стандартная модель элементарных частиц.
Вспомним про птолемеевскую (геоцентрическую) модель Солнечной системы. Она прекрасно работала и до поры показывала точность более высокую. чем новомодная гелиоцентрическая модель Коперника. Которая, в свою очередь, сменилась кеплеровской моделью. В которую впоследствии были внесены релятивистские поправки.
Т.е. модель может существовать, может давать хорошие результаты, но при этом не соответствовать реальному положению дел.