Маткад, Матлаб, Ориджин, их аналоги в Линукс, есть множество других программ и пакетов, заточенных под конкретные задачи. Сами пишем программы на Си, питоне, даже Паскале и других языках. Ну, и, конечно, бумагу и ручку никто не отменял - это оперативно и просто!