В поправках в назначении пособия с 3 до 7 указано, что не учитывают налоговые вычеты, значит будут брать сумму налоговой базы?

Добрый день! Вероятнее всего, речь идёт о том размере НДФЛ, который был возвращён заявителю в результате применения того или иного вычета. Тут довольно однозначно говорится именно о возврате суммы налога в результате применения права на вычет.

Сумма налоговой базы тут несколько ни к этому. Применительно к налоговой базе тут речь идёт о том, что если в результате её перерасчёта заявителю возвращаются денежные средства, то они также не учитываются (п.п. л) п. 25 ПП 384 от 31.03.2020).