Неуважение атеиста - это тоже неуважение.
Атеизм - часто - это всего лишь форма мышления. Облекая себя , намеренно, в шкуру атеиста, человек заранее определяет себе рамки дозволенного (в соответствии с общим представлением об атеизме, некогда агрессивным видом пропаганды и борьбы против людей во времена СССР): он сам определяет себе права и что можно делать, а чего делать нельзя. И эти права и дозволенности не соотносятся даже с конституцией РФ (например).
Но это же не говорит, что общество должно терпеть тех, кто не соблюдает нормы общежития. Поэтому правильно, что атеисты не пользуются никаким уважением. И дело не в самом атеизме как оно описано в энциклопедии, а в людях, которые называют себя атеистами, подразумевая под этим свою непримеримую вражду с верующими.
Атеист может писать слово Бог с маленькой буквы из неуважения к религии, наплевав на нормы русского языка. Он себе это сам позволил. Хотя ему это запрещено.
Если бы не было подобных проявлений атеизма мы бы и знать не знали что такое атеизм. Потому что когда человек ведёт себя нормально, он не агрессивен по отношению к другим, так всё равно во что он там верит или не верит. Он и не демонстрирует это в обществе.
Поэтому среди атеистов есть просто неверующие, которые пытаются как-то почему-то соблюдать общественные нормы. А есть люди с агрессивным типом поведения, которым требуется консультация психолога. Это надо уметь различать.
Не надо всех под одну гребёнку.