Главное дело Абакумова это создание СМЕРШа. Созданная к концу войны система военной контрразведки успешно конкурировала с органами НКВД и НКГБ. Широкая сеть осведомительского аппарата позволяла вылавливать вражеских агентов, диверсантов, шпионов и террористов, пособников гитлеровцев, особо не заботясь судьбой непричастных лиц. Исповедовал принцип – лучше перестараться, чем недоработать. В результате, недостаточная компетентность и квалификация сотрудников в низовых звеньях, подменялась массовостью организованных мероприятий, излишней подозрительностью, игнорированием невиновности. В 1946 году Сталин проводил реформу органов управления, упразднялись наркоматы, создавались министерства. «СМЕРШ» создавался для военного времени, и военная контрразведка передавалась в состав вновь организованного Министерства государственной безопасности СССР, которое по наследству от наркомата возглавлял Меркулов В.Н. Сталин в основном менял и руководящие кадры. Под ротацию попал и Меркулов. По некоторым источникам, Берия предлагал Сталину свою кандидатуру на пост главы МГБ — бывшего наркома внутренних дел Украины Василия Рясного. Однако Сталин предпочел Виктора Абакумова. Существует версия, что он выдвинул Абакумова потому, как был обеспокоен ростом авторитета военных, вернувшихся с войны героями. К положительным результатам работы МГБ этого времени следует отнести организацию ликвидации националистических банд в Белоруссии, в Украине и в Прибалтийских республиках. После окончания войны одно за другим фабрикуются дела на большие группы партийных, советских работников, представителей интеллигенции. Получая указания Сталина, органы МГБ, возглавляемые Абакумовым начинают новую волну репрессий против военных, партийных и хозяйственных руководителей, евреев и т.д. Руководитель секретной службы Сталина, в ходе изучения служебной деятельности Абакумова, сумел обнаружить крупные провалы в работе одного из управлений МГБ СССР, которое возглавлял генерал-лейтенант Шевелев. Эти провалы Абакумов скрывал от Сталина и ЦК ВКП(б). В 1951 году министр госбезопасности Виктор Абакумов был арестован и помещен в Лефортовскую тюрьму. Ему инкриминировали злоупотребление служебным положением, сокрытие важных материалов, попытку воспрепятствования «делу врачей» и многое другое. В 1953 году умер Сталин, а в июне того же года был арестован Лаврентий Берия. Для кого-то эти перемены стали спасительными, но не для генерала Абакумова. Менялось лишь обвинение — в конечном итоге, он стал членом «банды Берия». Суд над Абакумовым состоялся в конце 1954 года, был приговорён к расстрелу, приговор был приведён в тот же день.