Отличаются массой. Но кой-что добавлю. Электрический заряд - это величина относительная. По отношению к электрону они оба имеют положительный заряд. Но количество электричества в этих объектах очень видимо разнятся. В протоне, как отдельного объекта большая часть электричества сосредоточена во внутренней структуре самого протона, обеспечивающая его существование, как отдельного объекта. Для связи с другими внешними объектами (допустим с электроном) используется часть электричества по количеству совместимая с количеством электричества в электроне. По мере вхождения в контакт с внешними объектами происходит перераспределение внутреннего электричества в структуре, при этом на внешнее взаимодействие выделяется определенная часть электричества, совместимая с внешним влиянием. Это почти полная аналогия существования любых образований - от микро структур, до сообществ людей и далее до Вселенских масштабов. Извините, тут много и подробно можно писать, но .....
Ну, протон состоит из неотницательных u,u,d кварков, а позитрон, античастица электрона, вроде, неделим. И электрон, вроде, фермион, а протон, вроде, бозон - ну или наоборот, я могу путать. Во всяком случае, у протона спин полуцелый, а у электрона - целый.
И протон же не аннигилирует с электронами! :)