Есть ли такие фанфики, по знаменитым произведениям, которые публиковались в печатном виде и продавались в книжных магазинах (50 оттенков серого не в счет)?

Серия книг "После" Анны Тодд. Изначально, фанфик по фандому One Direction , а образ главного героя срисован с участника группы. Сейчас,готовится масштабная экранизация

фанфик по Гарри Поттеру в стиле драмионы(но на самом деле там все намного интересней,это не банальный любовный роман) "Цвет надежды". Он был издан лет 5 назад ограниченной серией. Прочитайте обязательно!

Гарри Поттер "Методы рационального мышления" Элиезера Юдковского. 
Шикарная книга. Уверяю, у тебя изменится отношение ко многим вещам (например, к смерти:) . Лично на меня он произвел очень хорошее впечатление. 
Но я не уверен, что эту книгу печатали.

В интернете можно найти по ссылке http://hpmor.ru/
Приятного чтения. Да прибудет с тобой "рациональность"

Серия "Время учеников" состоит из фанфиков по Стругацким чуть менее, чем полностью. Да фанфиков по JRRT опубликовано немало, от "Экскурсии" Жукова, до "Последнего кольценосца" Еськова.

Серия книг "Орудия Смерти" первоначально была фанфиком, насколько мне известно. Сейчас эта история не только печатается, также снимаются фильм и сериал)