Я являюсь собственником жилья, но прописана по другому адресу. Могу я сделать юр. адрес не по прописке, а адресу собственности?

Да, можете. При регистрации юр.лица представьте копию свидетельства на собственность или выписку из реестра. Регистрируют не по прописке, а на помещение где у Вас право собственности или аренды.