Поскольку изменились среда обитания, анатомия, биохимия и имунная система, то наверняка возникла невосприимчивость ко многим предковым заболеваниям (по крайней мере - в их тогдашнем виде). Например, какая-нибудь условная "жаберная гниль", способная поражать только жабры, могла перестать представлять опасность уже просто из-за исчезновения жабр.
Да и к чему задумываться о столь отдаленных предках? Есть масса животных, которые ближе к нам по среде обитания, анатомии и биохимии. Но далеко не всякая эпизоотия (болезнь животных) опасна для людей. А если и заражает, то дается ей это не очень-то легко: обычно возбудитель болезни "заточен" на особенности своих постоянных "хозяев".
С другой стороны, болезнь могут вызвать микробы, которые вовсе не нуждаются в паразитировании на живых организмах и никак к этому специально не приспосабливались. Просто попали в такое место, где могут размножаться, а имунная система оказалась не способна с ними справиться (вообще, или на первых порах). Примеры: возбудитель столбняка (просто живет себе в почве и именно к этой жизни приспособлен) и легионелла (возбудитель "болезни легионеров", живет в непроточной теплой воде, а поражать легкие стала только благодаря душу и кондиционерам).