Нет, целенаправленного геноцида как основополагающей политики Российского государства в Сибири никогда не было. По той простой причине, что физически уничтожать коренное население не было никакого смысла - обширные сибирские земли были попросту малонаселённы. Русское государство, находясь в достаточно сложных внутренних и внешнеполитических условиях в XVII веке, желало освоить новые земли малой кровью, без привлечения крупных экспедиционных сил. Это отражается и в характере колонизации Сибири - малочисленные отряды русских первопроходцев, вооруженные огнестрельным оружием, в первую очередь имели целью ввести коренные народы под подданство русского государства, дабы те платили налог - ясак. В обмен на это Российское государство обязалось защищать и поддерживать своих новоиспеченных подданых.
Конечно, стычки и даже военные конфликты случались на всем протяжении русского заселения Сибири, это неизбежно. Какие-то народы не желали вливаться в состав государства, какие-то были воинственны по своей натуре, где-то русские первопроходцы банально хотели отобрать свое силой - в первопроходцы идут не от хорошей жизни, согласитесь. К тому же, Сибирь была местом ссылки, куда на переселение отправляли различные уголовные элементы. А подобные люди не всегда доброжелательно относятся к коренным народам.
Советую почитать "Этапы колонизации Сибири" за авторством А. П. Казаркина. Он в свое время ссылается на прославленного русского историка Н. С. Гумилева