На самом деле никакая церковь не любит признавать своих ошибок, поэтому они предпочитают делать вид, что никогда и не были против.
Но всё-таки опровержения случались. В 1992 г. Ватикан в лице Иоанна Павла II официально признал гелиоцентрическую систему мира, и то в связи с тем, что надо было оправдаться за процесс над Галилео Галилеем. Этот понтифик признал ещё массу плохих дел со стороны католической церкви, но признаний научных фактов более вроде не было.
Если говорить об РПЦ, то ввиду отсутствия какой-либо научной деятельности в России до 18 века русская церковь не запятнала себя в борьбе с наукой. Далее она в лице некоторых представителей всё-таки пыталась бороться как с отдельными российскими учёными, так и с их учениями, но успеха в этом не достигла, так что и каяться ей особо не в чем. Кроме того, РПЦ официально вроде бы никогда не объявляла научные теории и гипотезы ересями. Немаловажно и то, что высшим духовным лицом церкви в России со времён Петра I был император или императрица, а они с учёными бороться особо не стремились.
Но вообще интересный вопрос, надо ещё покопаться в этой теме.