Молекулы сами по себе разума не имеют, соответственно знать что-либо не могут. Вы, возможно, имели в виду, почему они не притягиваются друг к другу? Тогда это легко объяснить молекулярными связями — физическими и химическими. В вашем теле молекулы находятся на таком расстоянии, что притягиваются друг к другу. А когда вы берёте предмет в руку, то его молекулы находятся дальше друг от друга, чем необходимо для притяжения, потому они отталкиваются. Также химические связи в твёрдых веществах способны удерживать однородную структуру, которая не нарушается простым соединением.
Для того, чтобы молекулы соединялись, существуют вещества — клеи, которые способны притягивать молекулы разных тел посредством слоя клеящего вещества.
Молекулам подсказывают ваши атомы. А атомам подсказывают электроны и протоны....и далее...и им уже подсказывают кванты, исходящие из вашего тела, но не из башки...там пусто.