Сложный вопрос и даже очень.
1) прототипирование количество затраченного времени + офис + расходы
2) услуги дизайнера + все то что выше за плюсами
3) услуги верстальщика + мобильная версия + тестирование + доработки
4) программирование
Это голая разработка, голый сайт без наполнение, дальше + наполнение + хостинг + домен
Это если без прибыли себе дальше любая работа должна приносить прибыль.
В дополнение. Подумайте о себестоимости. Что нужно оплачивать из бюджета проекта, кроме услуг разработчиков? Это могут быть SAAS системы (таск-трекеры, прототипирование), мобильная связь - т.е. постоянные расходы + затраты разовые: фотостоки, копирайтер, фотограф. Плюс время того, кто управляет проектом со стороны заказчика. Все это нужно (желательно) оплатить из бюджета проекта.