Чаще всего, рассчитывают стоимость исходя из привлеченных работников на разработку и их квалификаии. Всё зависит от сложности разрабатываемого сайта. Это может быть крупный портал или лендинг, соответственно разное кол-во людей и разное кол-во человека-часов закладывают.
Средние цены по рынку, на час работы, того или иного специалиста, можно посмотреть, например на фрилансерских сайтах.
В дополнение. Подумайте о себестоимости. Что нужно оплачивать из бюджета проекта, кроме услуг разработчиков? Это могут быть SAAS системы (таск-трекеры, прототипирование), мобильная связь - т.е. постоянные расходы + затраты разовые: фотостоки, копирайтер, фотограф. Плюс время того, кто управляет проектом со стороны заказчика. Все это нужно (желательно) оплатить из бюджета проекта.