Какая система отсчета должна основной в системе познания?

Такой системой отсчёта должны быть научные знания,

т.е. знания одинаковые и обязательные

для всех разумных существ нашей Вселенной,

для ВСЕХ: и для людей и для инопланетян и для самого Бога.

Такими научными знаниями являются математика и мораль.

Математика и Мораль, эти две научные дисциплины, которые

не зависят от среды обитания разумных существ, а значит

они действительно научны, а значит обязательны для всех.

Это зависит от того, что вы хотите познать. Если Абсолютную Истину - то за основу придется взять авторитетный метод Её (Абсолютной Истины) постижения - парампару. Цепь ученической приемствености, берущую своё начало в этой самой АИ.
Если цель познать различные виды заблуждений и историю их возникновения, развития и трансформации - весь арсенал современной науки поможет вам.

В познании чего либо, да и пожалуй всего, проще, ну и ,наверно, правильнее отталкиваться от простого к сложному. Если же выражаться в целом, то метод проб и ошибок, наше всё.