Все зависит от габаритов товара которым торгует интернет магазин.
Если это телефоны, косметика, ювелирные товары, фиалки, посуда, картины, то есть малогабаритный и легкий товар подойдет СДЭК, компания работает по всей стране, товар можно застраховать, заказать доставку на адрес или оформить получение в ближайшем пункте выдачи от адреса заказчика. Отследить перемещение товара. Удобная компания и не дорогая. Так же почта россии тоже подойдет.
Если говорить о магазине торгующим сантехникой, мебелью - крупногабаритными товарами то выбор транспортных компаний конечно большой, к примеру из самых распространенных ПЭК, Деловые Линии, Энергия, ТАТ, Балтрейлер, Байкал Сервис, Реком..
Здесь все зависит так же от адреса заказчика, цены доставки могут отличаться причем существенно.
В остальном так же можно заказывать доставку на дом, страховать перевозку, отслеживать груз....