Пробка - довольно мягкий материал, с чем связаны основные минусы.
Во-первых, пробку покрывают более эластичными, а, значит, менее прочными тонкими лаками. Если паркет под лаком обычно выдерживает лет 10-15, пробку перепокрывать придется лет через 5-8.
Во-вторых, пробка не цельная, а из мелких фрагментов, поэтому ее легко дерут когтями животные и непослушные дети. :)
На пробке могут появиться вмятины от ножек мебели или от обуви, в остальном у этого материала одни достоинства: по такому полу приятно ходить босиком, при этом шагов не слышно, а еще за ним легко ухаживать и он не интересен насекомым.