Ряд инструментов организационного характера для сбора информации, от Word-а до Notion, Miro. Движение пользователей описываю с помощью блок-схем, это помогает и реализовать макет.
Сам визуал собираю обычно в Figma или AdobeXD. А если необходимо подготовить графику, то это Photoshop/Gimp для растра или Illustrator/Inkscape для вектора. В зависимости от ситуации, платформы и т.д. редакторы меняются.
Собирать прототипы можно сразу в редакторах фигма или XD, особой роли не играет, не обязательно брать условно профильные инструменты типа Axure.