Границу охраняет погранслужба ФСБ, формально - это первый или последний барьер для въезда/выезда в/из РФ.
Решение об ограничении выезда может принять ФССП.
Кроме того, в ряде случаев на границе лицо может быть задержано при выезде/въезде (технически задерживают представители погранслужбы и передают в ведомство, инициировавшее задержание).
По решению суда или Управления миграции МВД может быть принято решение о неразрешении въезда в РФ.
и тд, и тп