Можно использовать сканеры уязвимостей с открытым исходным кодом. OPENVAS - основан на исходном коде Nessus, состоит из серверной и клиентской части, осуществляет 36000 проверок на уязвимости. Burp Suite — это сканер веб-уязвимостей, выполняют проверку веб приложений. Clair - поиск уязвимостей linux в контейнерах. Powerfuzzer - автоматизированный, настраиваемый веб-сканер. С помощью данных сканеров вы сможете обезопасить свою систему.