Самый главный недостаток эволюции - это ее сложность, просто невозможно в "двух словах" объяснить эволюцию так, чтобы у слушателя не возникло вопросов, почти ни у кого не укладывается в голове тот факт, что эволюция случайна, потому что толком не объясняются особенности этой случайности, люди начинают думать, будто по эволюции насекомое ни с того ни с сего может стать млекопитающим, ведь мутации случайны, так вот, не сможет, даже через миллиарды поколений. Случайность эволюции сильно ограничена, чтобы лучше ее понять, надо углубляться в генетику. Таким образом у организма есть, хоть и не мало, но всё же довольно ограниченное кол-во путей эволюции, большинство из которых - моментальный тупик. Так что считать, что времени было слишком мало для образования таких сложных форм жизни, как человек неправильно, времени было достаточно, при этом стоит учесть, что начальные формы жизни эволюционировали с феноменальной скоростью. При этом возникают и такие вопросы, на которые может ответить только эксперт, при этом ему самому понадобится некоторое время для подготовки, например: как появился такой сложный орган, как глаз и прочие. А из-за отсутствия эксперта под рукой люди начинают думать, что у эволюции просто нет ответа на этот вопрос => возникает недоверие к теории, хотя на практике она уже очень много раз давала положительные результаты и нет ни одного опровержения теории, которое могло бы с корнем ее уничтожить.
Главный недостаток собственно говоря один - теория эволюции, мы же про биологическую эволюцию говорим, опровергает, доказательно между прочим, креационизм, что в свою очередь негативно сказывается на доходах, ой, простите, на добровольных пожертвованиях, ряда религиозных организаций. Т.е. все, как обычно, упирается в "бабло".
Интересный ответ, скажем так, жизненный.
Но это далеко не недостаток эволюции, а ,скорее, её последствия.