Знали, готовились. Несмотря на подписание пакта Молотова-Риббентропа советское правительство иллюзий не пытало. В СССР шло масштабное военное строительство. Но 1941 год войск встречали в разгар реформ и реорганизации. Сейчас часто пишут и говорят, что Сталину задолго до начала войны предупреждали о нападении, а он отмахивался. В действительности никаких похищенных планов не было, а для разведки была характерна слабая аналитическая работа. Да и сами сведения шли весьма противоречивые - о дате начала войны, месте нападения и т.д. Конкретные даты пошли только в начале июня. Командование Вермахта корректировало планы и конкретную дату объявили только 30 апреля.
Конкретно солдаты и даже генералы слабо верили в нападение немцев. Больше верили в нападение Японии. Немецкие солдаты узнали о нападении только 22 июня.
В общем, СССР готовился к нападению, но подготовка шла с ошибками и достаточно медленно, полностью закончить должны были к 1943 году.