В основном, любителями "отъесть" помидор в теплице являются медведка (обитает в грунте и поэтому грызет в основном корни и нижнюю часть стеблей томатов) или проволочник (основной вред наносят его личинки, больше похожие на гусениц или червяков). А чтобы избавиться от вредителей старайтесь использывать комплекс мер, а не что-то лишь одно.
Это скорее всего гусеницы вида совок. Надо перекопать почву, так избавившись от их куколок и обработать специальным раствором. Например, настоем на стрелках чеснока.