Согласовать изменения помещения в нежилом здании можно заказав проект перепланировки и техническое заключение в соответствии с Постановлением Правительства Москвы №432. После этого нужно подготовить технический план (делает кадастровый инженер) и подать его на регистрацию в Росреестр (через МФЦ). Также, актуальную перепланировку помещения можно внести в планы БТИ - заказать техническую инвентаризацию и прдъявить сотрудникам БТИ проект и ТЗ. Правила для Москвы, в остальных регионах БТИ необязательный орган. Но подготвить проект и тз нужно в любом случае.
Согласованием перепланировки помещения в нежилом здании занимается сам заявитель и орган местного самоуправления. Заявитель подаёт заявку, её рассматривают и в течение 3 дней дают ответ.
Если Вы находитесь в Москве, то можете обратиться в специализированную компанию, например: https://www.2proektor.ru/
Как такового органа управления, занимающегося конкретно перепланировкой нет. Вы сами должны подготовить необходимый перечень документов и подать его в местную жилинспекцию.
По данному вопросу советую почитать эту подробную статью: https://resog.ru/soglasovanie-pereplanirovki-nezhilyh-pomeshhenij
Менеджер в любом бюро согласования за определенную плату. Таких контор сейчас много, есть быстрые, есть медлительные, но все-равно получится на выходе быстрее, чем самому... Да вот в яндексе - нашлось: https://www.buro-soglasovania.ru/soglasovanie-pereplanirovki-2/soglasovanie-pereplanirovki-nejilogo-pomescenia.php
Насколько я знаю нет отдельной организации, занимающейся этим вопросом. Но в ходе мероприятия вносятся изменения в технический план строения, соответственно, и в данные Государственного Кадастра Недвижимости. Тут https://moszem.com/oformlenie-pereplanirovki-pomeshheniya/ читайте подробнее про оформление перепланировки в таких случаях.