Все физические идеи в конце концов воплощаются в формулы. В них физические величины связываются между собой по правилам математики. А математика изначально оперирует числами - дискретными элементарными частицами-атомами математики. Размышляя о дискретности и непрерывности, человек всё равно "держит в уме" число, в любых физических формулах видит числа, да они там и есть, и это делает непрерывность чем-то непредставимым, невозможным.
Одна молекула воды - дискретная величина, из чего бы она там не состояла. Не стоит привлекать апории Зенона. Две молекулы воды, если они взаимодействуют (слиплись) - это не две прежних дискретных величины, а совершенно новая, небывалая для молекул дискретная величина, имеющая уже другие свойства. Возможно, все физические величины определены неоднозначно, только для некоторых масштабов измерения, для области пространства, в которых они, или их ядра, отдельно существуют.