Почему борода может быть сразу нескольких цветов? Заметил, что среди чёрных волос на бороде стали появляться рыжие волоски. В чем может быть проблема?

Это не проблема, а вариант нормы: 

цвет волос кодируется несколькими генами, а далее возможны разные комбинации их проявления у человека: например, 

при полной активации генов, ответственных за рыжий цвет, весь волосяной покров будет рыжим, 

при частичной - может быть рыжая борода, но шатеновая шевелюра, как у Фассбендера.