Я, например, мало читаю, но всю жизнь по русскому стабильная пятерка. Никогда не учила правила, а просто ставлю запятую там, где, как мне кажется, она нужна. Так, однажды, классе в 7 писали диктант, и я ставила запятые и писала слова правильно до того, как это подскажет учитель. Или, писала упражнение на доске и поставила запятую, обособляя деепричастие, хотя мы этого еще не проходили. На вопрос учителя "почему ты поставила здесь запятую?" Ответила что-то вроде "не знаю, кажется она тут нужна".
Это связано с визуальной памятью. Люди много читали и очень хорошо помнят как выглядят слова и предложения. И изображают их так как помнят автоматически.
Скорее всего, они достаточно начитаны и/или у них хорошая долговременная память. То есть человек не может сформулировать само правило, но он часто сталкивался с ним на практике и в похожих случаях пишет по методу аналогии. Второй вариант: со временем теоретическая форма правила забылась, но суть человек понимает, и как оно применяется тоже понимает.
А с запятыми другая история, тут всё несколько хуже. Наверное, ими заведует другое полушарие. Западное.