Причина в американском законодательстве и Конституции.
В целях осуществления доктрины контроля гражданских властей над военными Законом о Национальной Безопасности (National Security Act of 1947) в числе прочих условий предусмотрено, что на пост Министра обороны (а это как раз глава Пентагона или по-ненашему Secretary of Defense) может быть назначено только гражданское лицо или военный, ушедший с активной военной службы, по крайней мере, за 10 лет до назначения на этот пост.
Если дословно, это Часть II, раздел 202 (а): «There shall be a Secretary of Defense, who shall be appointed from civilian life by the President, by and with the advice and consent of the Senate: PROVIDED, That a person who has within ten years been on active duty as a commissioned officer in a Regular component of the armed services shall not be eligible for appointment as Secretary of Defense».
По сути, министр обороны - это связующее звено между вооруженными силами и высшей властью в государстве. Для этого вовсе не обязательно знать все нюансы военного дела, гораздо важнее быть хорошим организатором и управленцем.
Из недостатков такой системы могу назвать, наверное, чисто психологический фактор. Гражданский министр, как "не специалист" в военных вопросах, вызывает недоверие у самих военных.
Не знаю, на что дать ссылку.
Наверное, на текст Закона о Национальной Безопасности от 1947 г.: global.oup.com
Ну и небольшая статья о гражданском контроле над вооруженными силами США: www.infousa.ru