Так как Земля имеет форму шара, с экваторов намного легче и намного менее затратнее запускать ракеты, спутники чем даже с высокогорья не на экваторе которые расположены, да и доставлять туда дорогущие ракеты очень дорого и очень трудно и довольно опасно...
Представляете какой должна быть логистика в этом случает. Как и кто будет доставлять ракеты на высокогорье? Это же не бочку в небо запустить. Перевозка ракет до стартовой площадки - весьма сложное и дорогое занятие, требующее особой инфраструктуры.
Конкретно Атакама находится за западном побережье Южной Америки. Соответственно если запускать ракеты на восток то они пролетят над населенными районами. Если бы где нибудь был высокогорный район с хорошой транспортной доступность и удобным для запусков положение им бы воспользовались.