Чтобы не вдаваться в подробности того, чем стоит руководствоваться при выборе места запуска условной ракеты, а чем можно пренебречь, попробую привести довольно бытовой пример.
Выгода от размещения условной ракеты на, хорошо, четыре километра ближе к условной орбите будет примерно такой же, если вашу автобусную остановку около дома перенести на сто пятьдесят метров ближе к вашему офису. Выигрыш во времени поездки ничтожен (если вообще заметен), зато вам нужно будет пройти на сто пятьдесят метров больше самому и ещё пронести туда же свой портфель.
Представляете какой должна быть логистика в этом случает. Как и кто будет доставлять ракеты на высокогорье? Это же не бочку в небо запустить. Перевозка ракет до стартовой площадки - весьма сложное и дорогое занятие, требующее особой инфраструктуры.
Так как Земля имеет форму шара, с экваторов намного легче и намного менее затратнее запускать ракеты, спутники чем даже с высокогорья не на экваторе которые расположены, да и доставлять туда дорогущие ракеты очень дорого и очень трудно и довольно опасно...
Конкретно Атакама находится за западном побережье Южной Америки. Соответственно если запускать ракеты на восток то они пролетят над населенными районами. Если бы где нибудь был высокогорный район с хорошой транспортной доступность и удобным для запусков положение им бы воспользовались.