Вопрос абсолютно неправильный. Он должен должен звучать так: "Почему армяне ненавидят турков (азербайджанцев)".
Дело вовсе не в вероисповедании. В советское время в религия была "опиумом для народа", с которым боролись. Не все родились стариками верующими хоть с той, хоть с другой стороны. Судя по комментариям, даже здесь, армяне люто ненавидят (условных) турок. Армянам с детства внушают, что во всех своих бедах виноваты не они, а турки. Армяне всегда хотят быть первыми, но первые места заняты евреями. Значит виноваты турки. Никто не любит выскочек, поэтому турки не любят армян. Армяне не имели государственной независимости. Но некоторые занимали высокие посты в Османской империи. Часто кусали руку дающего и были наказаны. Как дашнаки боролись с турками отдельная песня. Главная беда армян - их национализм. Это не любят не только турки, но и русские.
Что за бред вы несете? Никакого предвзятого отношения нет. В Турции живут работают сотни тысяч Армян. Приезжают одыхать на побереьже сридиземного моря. В Москве в турецких компаниях работают много Армян.
Во многом из-за религии - армяне христиане, а турки мусульмане. Ну а ещё потому, что исторически сложилось так, что жившим в Турции армянам приписывали всё негативное, что могли придумать - следствие предвзятого отношения к "пришлому" народу. Довольно распространённая ситуация, на самом деле.