Простого ответа ученый-лингвист вам не даст.
Следует разделять причины формирования категории рода в древности и законы, влияющие на актуальное состояние.
Если говорить об индоевропейских языках, в праязыке или даже раньше имена подразделялись на 2 класса по тому, могут ли они быть субъектом активного глагола. Проще говоря оно (то что обозначает это существительное) может само что-то делать или нет. Если может, то это называют 1 классом, если нет, то 2. В ходе некоторой словоизменительной и словообразовательной "Санта-Барбары" (подробнее можно почитать в диссертации А.Е. Манькова "Происхождение и эволюция категории рода в индоевропейских языках"), развиваются категории одушевленности и неодушевленности, а категория раздельности и собирательности напротив постепенно исчезает. Из имен одушевленных в форме нераздельной множественности оформилась категория женского рода.
В праиндоевропейском языке по мнению многих специалистов отнесение предметов к роду было связано с представлением об их одушевленности, а категория рода морфологически отражала этот приписываемый предметам пол. Однако с течением времени это представление менялось и разделение на словоизменительные именные классы теряло семантическую мотивированность, поэтому категория рода могла становиться неустойчивой меняться и исчезать вообще.
В современном русском языке род имен существительных определяется по склонению. Нагляднее рассмотреть на примере новых слов. Например, сервер имеет нулевое окончание в именительном падеже основа оканчивается на твердый согласный, без труда относится всеми носителями русского языка ко второму склонению и мужскому роду. Можно сравнить разговорные: мобильник и мобилка. Несколько выбивается случай со словом кофе, которое (слово) должно относиться к среднему роду (что в разговорной речи встречается часто), но в советское время было решено сделать его мужским.
Кстати, в современном русском по роду слова можно выделить не 3, а 5 типов: мужской, женский, средний, общий род + слова, не имеющие рода (единственного числа не существует).