Доброго времени суток!
Занижение стоимости объекта в 2 раза от рыночной - это очень странно. Обычно продавцы просят указать не менее 70% от кадастровой стоимости, а она близка к рыночной в настоящее время. Нужно уточнять, возможно он приобретал объект по договору долевого участия, например, и тогда стоимость была ровно в половину меньше. Не хватает информации.
Если говорить в общем, то занижение суммы в договоре более чем на 20% от среднерыночной действительно может вызвать интерес налоговой инспекции.
Про вычет можете не беспокоиться, если в договоре укажете сумму не менее 2 млн. рублей (вам вернут 13% от подтвержденных документами расходов - в пределах до 2 миллионов рублей, есть до 260 000 рублей).
А вот о чем нужно задуматься: если по каким-либо причинам сделка будет признана ничтожной или оспорена по иной причине в суде и договор купли-продажи будет расторгнут, Вы сможете вернуть себе лишь те деньги, которые согласно договора купли-продажи уплатили продавцу. Опасайтесь мошенников, ищите компромисс с продавцом.
Если возникнут вопросы - буду рада помочь.