По сути это просто лейблы, имеющие релевантность с точки зрения легализации и удобства коммуникации; фундаментальной же разницы между ними нет.
«Препараты» обычно более регулируемы.
И препараты, и БАДы могут быть как бесполезными или опасными, так и полезными для определенных кондиций.
Разница в том, что лекарство лечит, а БАД - нет, так как это просто пищевая добавка. Даже в некоторых случаях и калечит из-за того, что люди ведутся на рекламу БАДов и прекращают принимать то, что доктор прописал.