Если рассматривать философскую сторону, которая довольно глубока, то суть конфликта состоит в противостоянии идеологий.
Идеология Света подразумевает безоговорочное служение миру и защиту каждого разумного существа. Для этого последователи Света - джедаи - вырабатывают в себе определённые догматические качества. Они обязаны любить, но им запрещено привязываться; им нельзя давать волю эмоциям, несмотря на то, что эмоции делают их сильнее; им нельзя иметь власть и стремиться к ней; они всегда должны быть максимально объективны в решении конфликтов и так далее.
Последователи Тьмы - ситхи - используют своё могущества для власти, а власть для укрепления могущества. Одной из важнейших целей ситхов, наряду с вечной жизнью, является установление полного мира в галактике. Несмотря на то, что их цель схожа с целью джедаев, их средства разительно отличаются. Ситхи всегда совершают зло ради высшего блага. Они радикальны, используют весь потенциал своих эмоций и практикуют вседозволенность. Они считают себя вершиной эволюции и сражаются даже между собой, чтобы отсекать слабых, оставляя только самых могущественных и жестоких.
Я что-то не заметил, чтобы в тексте было указано, что между образованием республики и её падением прошло несколько тысяч лет.
Рекомендую прочитать вам отличную книгу "Дарт Плэгас" Джеймса Лучено, которая ответит на ваш вопрос. В ней как раз и повествуется о заговоре ситхов Дарта Плэгаса и Дарта Сидиуса (Палпатина). Описывается их путь к власти, реализация первых этапов плана по истреблению джедаев и формирование галактической империи.
О сути конфликта империи/республики и повстанцев/сепаратор так и не было сказано ни слова