Если отбросить тот факт, что сценаристам просто необходимо было наполнить игру увлекательными геймплейными элементами, в ущерб логике, стоит обратиться к мифологии видеоигры. В первой части рассказывается, что лаборатория была построена под древним особняком Озвелла Спенсера, дабы старинное здание служило прикрытием тёмным делам. Так что скорее всего ловушки и головоломки, это даже не амбрелловское изобретение, а прихоть семьи Спесеров. Во второй части, где "домом с головоломками" выступал уже полицейский участок, можно найти документы, в которых говорится, что начальник полиции, чтобы скрыть коррупционные махинации, закупал антикварную утварь в здание полиции - отсюда всякие фонтаны, статуи, и т.д.
Давайте мы все признаем, что сюжет первой части Resident Evil не был сильной стороной игры, а больше напоминал попкорновый фильм ужасов. Отсюда и такие вот дырки :)
Особняки-прикрытие для лабораторий, а также иногда дополнительный вход в них. Потому они должны выглядеть не тем чем являются. Вот и выходит что в них полно секретов. Это самое логическое объяснение, кроме более очевидного- сценаристам нужны было чем то развлекать игрока)