Все очень просто. Наличные деньги позволяют клинике уходить от налогов. Они получают от вас 10 000 руб., а по бухгалтерии проводят 3000 руб. (или вообще не проводят).
В результате налоги рассчитывают не с реальной, а с заниженной выручки. Это старая, добрая схема "оптимизации" налогообложения.
Разговоры про дороговизну эквайринга, оборудования и тарифы банков за обслуживание - обычный отмаз.
Все гораздо прозаичней и проще.