Очень много чего, это абсолютно разные частицы разной природы.
Позитрон - брат-близнец электрона, фундаментальная частица, относящаяся к классу лептонов. Позитрон может проаннигилировать с электроном, протон - нет.
Протон - хоть и является элементарной частицей, так как на практике его нельзя расщепить на составляющие, но при этом не фундаментален, имеет внутреннюю структуру и состоит из трех кварков и множества глюонов.
Протон может участвовать в сильном ядерном взаимодействии, позитрон - нет.
Масса позитрона равна массе электрона, а у протона примерно в 2000 раз больше.
Ну, протон состоит из неотницательных u,u,d кварков, а позитрон, античастица электрона, вроде, неделим. И электрон, вроде, фермион, а протон, вроде, бозон - ну или наоборот, я могу путать. Во всяком случае, у протона спин полуцелый, а у электрона - целый.
И протон же не аннигилирует с электронами! :)