Приветствую.
Всё потому, что разные алгоритмы ранжирования. Практически невозможно один сайт "заточить" для ТОПа и для Яндекса, и для Гугла (практически это не значит невозможно!).
Сейчас не редко делают 2 разных сайта для одной компании: с оптимизацией под Яндекс и под Гугл отдельно.