Не могут. Системы ПВО рассчитаны на объекты, которые взлетели с Земли и планируют снова вернуться на Землю - то есть обладают скоростью ниже первой космической (а в реальности технические пределы ПВО ещё ниже, скажем, С-400 может использоваться против объектов, летящих не быстрее 5 км/с). А метеорит в общем случае до падения на Землю с ней гравитационно не связан - следовательно, обладает скоростью выше второй космической (11,2 км/с).