Компьютер сначала делают без программ. Программы устанавливают только когда компьютер уже сделан. Так что на время, компьютер и его программы могут быть отдельными.
Но для использования компьютера, надо установить программы в нем. И в это время, компьютер и его программы объединяются и становятся неразделимым одним.
А чтобы польза компьютера не терялась, его программы надо исправлять, дополнять, или даже заменять. Но эти изменения только функцию компьютера меняют и возможно улучшают. Компьютер и его программы продолжают существовать и действовать как неразделимое одно.
Физический компьютер тоже можно разделять на части и эти части изменять или вообще менять на другие. Так что можно смотреть на физический компьютер как сложенные части, или как на одно. А программа компьютера это только одна из частей компьютера, которую тоже можно менять, заменять, или вообще убирать.
Но если полностью убрать все программы компьютера, то его функция теряется. Потому что это одна из важнейших частей компьютера. Это все равно что убрать экран компьютера или убрать его электрическое снабжение. Без некоторых частей, компьютер не может работать. И программы компьютера это одна из таких частей.
Все это можно сравнить с человеком. Когда человек создается, то сначала получается тело, без всякого знания и понимания. Знания и понимания человек начинает приобретать только после своего рождения, частично через личный опыт и частично через усваивание языка, культуры, и знаний окружающих людей.
Так что вначале, человеческое тело и знания отдельны. Но потом они соединяются и становятся неразделимым одним. И конечно человек со временем исправляет и даже меняет свои знания и понимания или самостоятельно или через перенятие знаний от других людей.