Теоретически, проще всего материю уничтожить антиматерией.
Генерируйте анти вещество и "засыпайте" мешающие вам дыры!
Но можно немного "помучиться" собрать установку по отбору энергии у черной дыры, "облучая" горизонт событий "черной дыры", можно не только "уничтожить" её, но и получить много энергии и избежать своей смерти, а вот в первом случае гарантировано уничтожение не только черной дыры, но и "засыпальщика" вместе с его галактикой.