По поводу конфликтующих операций - это кто-то пытается править объект одновременно с вами. По поводу жёлтых точек - их можно двигать, а ещё я писал пост-инструкцию на эту тему около года назад)

  1 Желтая это разрез  Удалить https://yandex.ru/blog/narod-karta/udalenie-zheltykh-tochek
  2 Увеличить лимит: из точки создайте дополнительно водоём https://yadi.sk/i/8ZcLgg3I83NwlA  создастся новая жёлтая точка,водоём удалите.
  3  Перед редактированием в панели атрибутов измените название https://yadi.sk/i/QZgtlYnWozlWvg Не забудьте название по окончанию восстановить

Хотел создать отдельный пост, но надеюсь, что разработчики обратят на это сообщение внимание:
при редактировании мегаобъектов не хватает таких вещей, как:

1. множественное добавление внутренних контуров от одного объекта другому. Т.е., когда нужно разрезать объект, но в отрезаемой части входят внутренние контуры. Сейчас приходится в новый контур добавлять новый внутренний контур, переходить в режим выбора участков, указывать уже существующий внутренний контур, сохранять каждый раз (два и более новых внутренних контуров не даёт сохранить).

2. Превращение внутреннего контура в часть внешнего (создание перешейка, по топологии - создание из бублика простую загогулину O --> U.

3. при выделенном объекте, делать различие между внешним и внутренним контуром. Когда объект не выделен, внутренние контуры видны пунктиром, а когда выделяются, то из-за одинаковой жирной линии не различить топологию объекта.

4. хочется взять мышкой и выделить кусок большой области - всё, что попадёт в выделение, внести в новый контур (вместе с внутренними контурами). Если выделение захватило внутренний контур частично, то давать возможность коррекции новой области.

5. проставить хоткеи на все кнопки.

для большей драмматичности, вот ссылки на некоторыми лесищи со сложной топологией