Почему атеистам представляется, что верующие познают мир через религию, презрев науки?

Тезис "духовное учение и наука - это нечто не пересекающееся?" — просто не соответствует действительности. Духовные учения не редко содержат противоречия с научной картиной мира.

Например, во всех авраамических религиях человек был создан Богом. И всë человечество произошло из двух людей: Адама и Евы. Это вполне проверяемле утверждение о реальном мире.

Только на самом деле, человечек получился в результате биологической эволюции. Небыло чëткой грани между человеком и его предком-обезьяной. Более того, когда человек появился, это уже была целая популяция не то людей, не то обезьян.

Теорию эволюции, кстати, многие православные священники и епископы до сих пор отрицают. Не смотря на колоссальную доказательную базу.

Потому что подобные атеисты, те которые считают так как вы пишите в вопросе. Являются полными невеждами  не только в религии и поведении верующих, но порой и в науках.

Потому что атеисты как правило весьма необразованные люди, не имеющие (и не желающие иметь) ни какого представления не только о истинной религии и настоящих верующих, но и о науках к которым апеллируют.