Почему атеистам представляется, что верующие познают мир через религию, презрев науки?

Простите, нам кажется, что верующие вообще не познают мир. Это точно относится к христианам. У Харири есть такой отрывок "Христиане не занимались исследованием поведения пауков, потому что в Библии не написано, что это надо исследовать". Все, что написано в Библии - достаточно. Это была официальная позиция церкви долгие годы. 

Поставив себя в позицию, в которой Бог не может быть подвергнут сомнению, верующие, конечно же, нарушают основной принцип научной работы - принцип академической свободы. Верующий ученый должен забыть о том, что он верит, если этого требует эксперимент или доказательство теоремы. 

А это уже двоемыслие. Дано не каждому. 

Потому что подобные атеисты, те которые считают так как вы пишите в вопросе. Являются полными невеждами  не только в религии и поведении верующих, но порой и в науках.

Потому что атеисты как правило весьма необразованные люди, не имеющие (и не желающие иметь) ни какого представления не только о истинной религии и настоящих верующих, но и о науках к которым апеллируют.